卡夫、百事、雀巢、娃哈哈几家知名企业不约而同地对《规范》中表明的“当能量或营养素含量符合表1有关要求时，根据食品的营养特性，可选用以下一条或多条功能声称的标准用语。以下用语不得删改和添加”表示了疑意。他们认为，这样一来，会造成产品低水平的同质化，还将影响新产品研究与开发。
他们建议，就本规范中提及的营养素，对于营养成分功能声称，应在实施细则中予以明确其与目前存在的GB13432及《食品广告发布暂行规定》之间的关系，明确最终以哪个为准，从而避免企业与监管部门发生理解上的异议。还建议，本规范中未明确提及的营养成分，如益生菌、牛磺酸、肌醇、L-肉碱、L-赖氨酸、叶黄素、茶多酚、药食两用中草药等，可按GB7718及GB13432的规定执行，这样也符合本《规范》第二条规定的精神。根据科学发展和实际产品需要，为新的声称留有发展的空间。比如成立评审委员会，评估目前没有列入规范的营养健康声称。
统一标识值的允许误差范围在上书意见中，百事、雀巢、娃哈哈三家企业针对《规范》附件1《食品营养成分标识准则》中谈到的“在产品保质期内，判断标签上营养成分含量标示值允许的误差范围应遵循如下原则”，对于许多食品，特别是乳制品，其本底已含有多种矿物质、维生素，对于终端产品而言，很难区分开是“食品中的营养素”，还是“强化的营养素”？因此不应设立不同的允许标识误差范围。
针对维生素A及维生素D如果必须设置上限，他们建议针对液体饮料类食品设置为80%-300%(因为即使上限设置为300%，实际上企业在生产中还必须同时遵守GB2760及GB14880的规定，因此不存在安全性问题)。暂缓饮料产品中标注钠含量
百事、雀巢两家企业表示，《规范》要求钠作为强制标识的营养素的规定，对于绝大多数企业来讲，这是一个新问题。特别对饮料行业来说，现有的数据表明，不同地区的原水、自来水中，钠的含量差异很大。即使同一地区不同季节水中钠的含量实测值波动也非常大。有的地区甚至达到5倍以上的波动范围。自来水公司表示对钠的含量他们自身也难以控制。因此，这是一个以水为主要原料的饮料行业的共性的问题。要了解原水、自来水中钠含量的波动情况，需要很长时间的持续检测才能反映该地区水中钠的变化规律。他们建议：为了使《规范》能在饮料企业顺利实施，并使企业有可操作性，卫生部可以组织专家对此做进一步调研，暂缓在饮料产品标识此项内容。待搜集到各地按季节水中钠含量波动范围后，再与相关企业一起探讨解决方案。避免营养标示数值变成监管检查食品质量的指标
娃哈哈、百事两家企业认为，营养标签的目的是向消费者提供食品的营养信息，用于引导消费者合理选择食品，促进膳食营养平衡，食品企业应当对营养标签的真实性负责。但对于营养标签格式规范性及与营养成分标示值超出允许误差范围(而该产品本身符合此类产品的国家标准、行业标准或企业标准的质量要求)的情况，均属于营养标签标示不规范的问题，不应划归产品的质量问题。他们建议：卫生部在实施细则中明确对于营养标签格式规范性及营养成分标示值超出允许误差范围的营养标示不规范的情况，在该规范实施的过渡期内及强制执行后，监管部门不应以此作为抽查、处罚的直接依据，而应采用类似美国的做法提出警告并予以限期整改的做法(具体的整改期限也应在实施细则中予以明确，建议标签改版在1个月内完成，以老标签生产的产品根据库存量的不同给予3-6个月的过渡期)。参照世界通行的做法商讨制定反式脂肪酸“零”数值表达方式。
建议卫生部组织有关专家参照世界通行的做法商讨制定反式脂肪酸零数值的表达方式，以方便食品企业进行标示，同时使消费者得到恰当、准确的信息。
执行《规范》宽限期至少3年几家大企业的负责人都表示：2008年度使用的标签(含自愿营养标签)都早已设计并制版印刷。建议卫生部给予企业至少3年的宽限期，以便企业进行新旧标签的转换工作。