自我国加入世界贸易组织以来，尽管中越北部湾划界，传统渔场大幅度减少，捕捞业出现负增长,但广西渔业经济仍保持了良好的发展势头，2001年水产品产量为248.4万吨，2006年达到296.4万吨，5年大约增加了48万吨，年均增长率3.9%；水产品出口贸易由2001年的0.0346亿美元，增加到2006年的0.7187亿美元，增长20多倍；渔民人均纯收入也由2001年的5431元，增加到 2006年的6580元，净增1149元。加工、流通和出口贸易得到了快速发展。按照“出口1万美元劳动密集型农产品可带动40个就业岗位”的标准推算，广西出口0.7187亿美元，也可以增加28.74万个就业岗位。
同时，在市场经济规律和政府积极引导下，广西渔业产业素质迅速提高。一是加快了产业结构调整的步伐。一方面是加工业迅速崛起，符合美国HACCP和欧盟ISO资质认证要求的出口水产品加工厂从零起步，发展到现在已经正常生产运行的13座，在建6座，原料水产品加工能力达到30万吨。另一方面是出口优势水产品种的养殖迅速发展，2001年广西对虾、罗非鱼、斑点叉尾
鱼回的养殖面积分别是25.76万亩、21.3万亩、0.1万亩，2006年的养殖面积发展为30.59万亩、30.5万亩、3.13万亩，分别增长了 18.75%、43.19%和3030%。2001年对虾、罗非鱼、斑点叉尾鱼回的产量为4.89万吨、10.65万吨和0.05万吨，2006年分别为 13.12万吨、17.97万吨、1.2万吨，分别增长了168.3%、68.4%和2295%。
二是产业化生产的格局基本形成。广西以加工出口龙头企业为核心，分别成立了区、市对虾产业协会、市级罗非鱼产业协会、国家级斑点叉尾鱼回协会等行业协会，开始出现了组织化生产及产业内部的协调活动。
三是产业基础有所加强。围绕水产品的质量安全，广西初步形成了水产品质量监测网，农业部在该区扶持建设了一个获得部级资质认证的水产品检测中心、一个市级水产品检测中心，加上广西出入境检验检疫局的产品检测中心，广西已经有3个机构对渔业投入品、渔业环境和水产品进行检测监控。此外，为了从生产源头确保水产品安全，管理上与国际接轨，到目前已有78个养殖场按照HACCP规定要求进行了出口养殖备案登记。
目前，广西优势水产品产业开发已经成为渔业经济持续发展的核心动力。但是,近年来也遇到许多挑战。一是技术贸易壁垒。如欧盟、日本、美国、韩国、加拿大等国加强了对中国水产品的检验检疫，对水产品进口贸易采取了许多限制性措施。广西“正五海产”等多家企业都为此付出过代价。由于技术贸易壁垒门类繁多，要求苛刻，而广西水产品生产安全管理水平相对滞后，加工出口企业都是冒着很大的风险进行经营，隐患一直没有消除。
二是不公平的反倾销政策。如受2004年美国对我国对虾产品实行反倾销影响，广西对虾出塘价格每千克下跌3元～6元，全区虾农减收3亿元～4亿元。2005年部分加工出口企业通过开发新的对虾深加工产品和转口贸易，对虾出口的严峻形势才有所改观。由于我国水产品生产走低成本路线，成本核算不严格，加上规范管理水平低，给进口国提出反倾销留下很多隐患。
三是来自于自身能力弱的挑战。由于广西养殖业主投资能力相对较弱，渔业产业化水平不高，加工厂建起来后，出口备案养殖基地建设严重滞后，原料不足的矛盾至今还没有得到根本的解决，加工出口企业常为有订单没有原料，出现交货延误或交不了货，严重影响了企业的信誉，使企业有机会却难以发展壮大。此外，虽然广西初步形成了水产品质量安全监测网，但由于水产养殖投入品是多部门管理，环节多，管理不规范，加上许多养殖业主尚未能够从传统渔业生产向现代渔业生产转变，对水产品的安全监测还是疏漏百出，隐患很多。
为了充分利用渔业发展与国际接轨的良好机遇，广西已进一步加强对渔业优势产业发展的扶持力度。如农业部扶持广西建设了4个罗非鱼良种场、两个对虾良种场、一个斑点叉尾鱼回良种场、两个检测中心、两个检测实验室、28个水生动物病害防治站等。自治区也围绕渔业优势产业发展出台了罗非鱼产业化开发扶持政策，每年的扶持经费约1000万元。但由于我国是世界渔业大国，水产品产量占世界产量的30%～35%，而据估算，我国政府对渔业的财政支持还不到世界渔业政府支持总额的2%。因此，政府应在4个重点环节上加大对渔业优势产业的扶持力度：
一、扶持优势品种出口养殖基地建设。政府要继续扶持优势水产品养殖，设立扶持专项经费。针对出口备案养殖场建设滞后，规模小，原料生产力不足以及原料卫生安全无保障等问题，激励业主加大投资力度、按照HACCP管理的要求建设养殖基地，凡获得出口备案注册的养殖场就有条件获得政府的贷款贴息、完善基础设施、技术培训等扶持。
二、扶持加工出口企业。每年由财政安排专项经费，一是扶持完善卫生安全基础设施；二是扶持技术改进、创新和新产品开发；三是扶持对挂靠出口备案养殖场的监管；四是给予贷款贴息；五是扶持开拓市场等。
三、继续扶持优势品种苗种生产基地建设。一是要继续扩大原良种基地的建设规模，二是要对品种进行持续选育，三是要针对部分地区罗非鱼不能自然过冬的特殊情况，扶持越冬基地建设。
四、扶持产业发展中重大技术难题的攻关。一是对虾多发性疾病，二是斑点叉尾鱼回的流行病，三是优质饲料研究筛选等。