12月28日至29日，检查组实地检查了北京市朝阳、平谷、密云三个区县的种植养殖基地、生产加工企业等10个检查点，观看了食品安全监控系统、追溯系统、商品质量监控系统等的演示。检查组认为，北京市比较圆满地完成了专项整治，成效明显。
27日至29日，检查组先后到天津蓟县和天津经济技术开发区检查中外企业、超市、酒店、食用菌基地、药店等多个点，肯定了天津专项整治取得的成绩。通过整治，天津共查处140起食品生产加工违法案件，立案查处470多起食品等制假售假，吊销375户经营者的营业执照，取缔无照经营个体户3289户。
26日至28日，检查组到重庆永川、璧山等7个区县，检查了当地的超市、药摊、街边小店等。通过查证照、翻台账、随机抽查等方式，检查37家单位后，检查组评价说，重庆完成了专项整治目标，并以“打扶并举、放权基层”的方式，初步建立起产品质量和食品安全的全程监控机制。
25日至27日，检查组赴江苏各地检查验收。检查组认为，江苏省专项整治行动实现了预期目的，不少先进做法值得全国其他省市学习借鉴。检查组同时表示，江苏应该巩固专项整治的既有成果，防止出现反复，特别是要继续探索建立产品质量控制和食品安全的长效机制，构建覆盖全面的监管网络。
26日至27日，由科技部副部长刘燕华带队的检查组在山东深入农村蔬菜大棚、批发市场等地，检查农产品质量安全情况，并对山东建立定期调度制度、台账制度、挂牌督办制度、效果评价制度和责任追究制度等食品安全工作制度，加快标准化建设和品牌培育等给予充分肯定。
28日，检查组结束在福建的检查，认为该省食品质量安全整治工作形成了长效机制。在福州台江区海峡市场内，检查组详细了解当地工商部门在市场内建立的电子台账制度。这一制度确保了从源头对食品生产、经销企业的全程追踪。
26日至28日，以商务部副部长姜增伟为组长的检查组到湖北省武汉市麦德龙超市、武汉中粮肉食品公司等10多家企事业单位进行抽查。检查组对湖北专项整治工作取得的成效表示充分肯定。湖北省副省长任世茂表示，湖北将以武汉城市圈获批“两型社会”综合配套改革区为契机，加强产品质量和食品安全长效机制建设，构建质量诚信体系。
29日，检查组结束在陕西的检查验收，对该省专项整治工作取得的成绩给予充分肯定。几天来，检查组深入到宝鸡、西安两市的部分县（区）、乡（镇），通过实地查看、暗访等方式，对农产品批发市场等进行了检查。
27日至29日，检查组深入海南省各地超市、农资供应点、农产品加工企业和农家小作坊进行检查。在专项整治活动中，海南加强监督抽查和日常检查，其中抽查瓜果菜样品15394个，生产基地样品合格率达97.79％，批发市场样品合格率达94.82％。