因为新鲜的金针菇中含有秋水仙碱，人食用后，容易因氧化而产生有毒的二秋水仙碱，它对胃肠黏膜和呼吸道黏膜有强烈的刺激作用。一般在食用30分钟至4小时内，会出现咽干、恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状；大量食用后，还可能引起发热、水电解质平衡紊乱、便血、尿血等严重症状。
秋水仙碱易溶于水，充分加热后可以被破坏，所以，食用鲜金针菇前，应在冷水中浸泡两小时；烹饪时把要金针菇煮软煮熟，使秋水仙碱遇热分解；凉拌时，除了用冷水浸泡，还要用沸水焯一下，让它熟透。另外，市场上出售的干金针菇或金针菇罐头，其中的秋水仙碱已被破坏，可以放心食用。
但是，金针菇并非人人皆宜。传统医学认为，金针菇性寒，脾胃虚寒、慢性腹泻的人应少吃；关节炎、红斑狼疮患者也要小心食用，以免加重病情。