夏秋时节，由于细菌极易繁殖，使食品容易腐败变质。加上苍蝇叮爬，人们如果吃了带有致病菌的食物后就很容易发生腹泻，而大蒜能防止腹泻的发生。因为大蒜含有一种辛辣含硫的挥发性植物杀菌素－－－大蒜素，它对葡萄球菌、痢疾杆菌、霍乱弧菌、大肠杆菌、伤寒杆菌、炭疽杆菌、霉菌、阿米巴原虫等均有杀灭或抑制作用。利用大蒜的杀菌功能，在肠道传染病流行期间，每天生食１-２头大蒜，能起到预防肠道传染病的作用。
如果因此认为多吃生大蒜可以治好腹泻却是一种误解。人们由于受凉或误食沾有致病菌的不洁食物后，由于细菌的作用，使肠壁血管扩张、充血、肿胀、通透性增加，机体组织大量蛋白质和钾、钠、钙、氯等电解质以及液体渗入肠腔，大量液体刺激肠道，使肠蠕动加快、增强，因而出现阵阵腹痛、频频腹泻等症状。这时，如果食用大蒜，特别是过量食用大蒜，虽有抗菌作用，但因其中有辣性的大蒜素会刺激肠壁，促进血管进一步充血、水肿，使更多的组织液涌入肠内，从而加重腹泻症状。另外，过量生食大蒜，还会使胃受到强烈刺激而引起急性胃炎，出现腹痛等不适，这对于患者来说无异于雪上加霜。
生吃大蒜预防肠炎、腹泻是有道理的，也只能是在没有出现腹泻之前才能起到预防作用，即便是用大蒜来预防肠道传染病时，也不可过量生食。