专家指出，当前我国苹果产业的差距主要存在于四个方面：
一是品种结构有待进一步优化。我国苹果在品种结构方面存在诸多问题，一是主栽品种比较单一，红富士栽培面积几近全国苹果栽培面积的５０％；二是品种结构搭配不尽合理，早熟、中熟品种相对较少，目前的主栽品种以红富士、元帅系、金冠、秦冠和乔纳金等品种为主（约占７５％－８０％），早熟品种不足５％，中熟品种约占１０％－１５％，致使成熟期过于集中，果品采后市场销售压力大；三是鲜食与适合加工品种的比例不协调，主栽品种基本上都是鲜食品种，适合加工的品种很少，目前只有国光、红玉和金冠等少量兼用品种，致使苹果加工企业没有稳定的优质原料基地，加工产品的质量难以适应市场的要求。
二、果园管理技术水平低，平均单产低、总体质量较差。我国苹果单产近１０年来持续增长，１９９１年苹果单产为２．７３吨／公顷，目前已达１１．１吨／公顷，但就整体而言，与世界先进水平差距仍较大。辽宁省的苹果单产在近十年持续增长，如今仅为３８１公斤／亩，低于全国６０４公斤／亩的平均水平，与发达国家相比差距更大。管理技术低是导致我国苹果单产和质量不高的主要原因。在黑龙江省，部分果农对集约管理果园认识不足，不重视整形修剪、中耕除草、灌水排水、病虫害防治。管理技术水平低，果园管理水平参差不齐，致使黑龙江苹果的优质果率不足２０％，而且还有近１０％的劣质苹果没有市场，出现积压滞销。
三、采后环节薄弱。我国商品化处理果比例低，苹果先进生产国鲜食苹果都经过机械化清洗、打蜡、分级、包装，再投放市场。而我国这种处理果仅占苹果总产量的１％左右。我国苹果总贮藏能力仅为总产量的２０％左右，并且大多是以土窑洞、冷凉库等土法贮藏为主，普通冷藏约占总贮藏量的２０％，气调贮藏量仅有３％－５％。青岛市目前果品贮藏能力仅有３０１００吨，且以普通风冷库为主，仅占果品总产量的５．６％，加工能力只有１．２８万吨，占苹果总产量的２．４％。在甘肃省，目前的２万多个果品贮藏库中，８０％以上为土窑洞简易贮藏，只能作为暂时性果品贮藏使用，达不到大型水果超市和出口水果标准。同时果品自动清洗、分级、打蜡、包装、冷链贮运等一系列产后处理几乎空缺，严重影响了苹果的商品性状和货架形象，给果农造成了经济损失。
四、产业化、组织化程度低。我国苹果产业基本是以家庭为单位，规模小，投入不足，缺乏组织性。从生产到销售市场各环节关联性差，“小生产与大市场”的矛盾突出，很难实现产、运、贮、销一体化，削弱了终端产品的竞争力。龙头企业规模小、数量少，市场竞争力不足，对产业的带动能力不够，没有与果农形成合作共同体，影响了苹果产业的健康发展。在苹果生产的标准化方面与先进国家存在着较大差距，与国际标准及市场接轨性差。另外，企业品牌意识不强，没有形成具有国际市场竞争力的品牌，无法立足国际市场。在大连市现有１００万亩果园中，集中联片的果园很少，多数都是承包到户、分散经营的小果园，难以形成规模效应。甘肃省有各类果品加工企业１８８家，年加工能力４０万吨，但大多数以加工果脯、果干、果浆和杏系列、葡萄酒系列产品为主。以苹果为原料加工浓缩苹果汁和果酒的只有三家企业，目前年产浓缩苹果汁仅２万吨。不能抓住有利时机抢占国际市场，导致加工增值利润流失，散失了出口创汇的大好机遇。
针对我国苹果产业现状，一些专家和果业企业呼吁，应在良种选育、果树标准化生产、产业化和组织化方面加大力度，提高我国苹果的质量和竞争力：
一、重视苹果良种选育和引进。世界上苹果生产先进国家大都十分重视新品种的培育和开发，以获取国际市场的垄断地位和竞争优势。比如日本苹果生产主栽四大品种，除乔纳金外，红富士、津轻、王林均由日本自主培育。我国多年来在果树新品种选育方面做了大量工作，取得了显著成绩，但由于多年来科技投入十分有限，果树育种基础比较薄弱，拥有自主知识产权的国际品种较少。未来应继续重视苹果种质资源的搜集、保存、评价和利用研究，为开展有效的苹果良种选育提供丰富的基因源。在继续开展苹果常规育种的同时，积极开展分子辅助育种和生物技术育种。对于出口创汇急需，而国内尚无适宜的品种，优先引进一批国外苹果良种，并对其进行适应性研究，加快本土化进程。通过良种选育、引进等手段进一步优化我国苹果的品种结构。
二、推行以提高苹果质量为核心的果树标准化、安全化生产技术体系。优质、安全是当今世界果品生产和消费的总趋势。上世纪９０年代欧洲开始在苹果上推行ＩＦＰ水果生产制度和技术体系，其基本目标是生产优质、安全果品，最大可能地减少化学物质的应用及其副作用，以促进生态环境的改善和保护人类健康。ＩＦＰ水果生产技术体系涵盖果品生产的全过程，其关键技术主要包括：果园病虫害综合防治技术体系、果园精确化施肥技术和水果质量保证制度体系等主要内容。目前这项生产技术已经被欧美苹果生产和出口大国广泛采用，也被世界上越来越多的国家所接受。我国在未来也可以借鉴ＩＦＰ技术的可取之处，结合我国国情制定一套先进的苹果生产技术，改变我国苹果质量不高的痼疾。
三、推进产后商品化处理、贮运、加工技术现代化。自主研制和引进消化吸收国外先进苹果采后商品化处理、贮藏、加工技术及设备，推进苹果采后处理机械化，把果实清洗、打蜡、分级、包装、入库等程序在一条现代化流水线上完成，提高我国苹果的商品质量。严格适期采收，大力发展气调贮藏等先进保鲜技术，建立健全苹果采后处理技术体系和从产地到销售市场的冷链技术体系，保证苹果优良的商品性。１－ＭＣＰ保鲜技术对苹果具有良好的保鲜效果，是继气调贮藏之后，苹果贮藏保鲜技术的又一重大突破，应该加快这一技术的推广应用。
四、加快苹果生产的产业化与组织化程度。产业化的根本是产销一体化。国外苹果生产的产业化始于上世纪５０年代，产业化应用的形式多种多样，如日本的果品批发市场与农协，农民结成紧密的一体化联合体，形成以批发为龙头、以农协为纽带、联众多农户的一条龙的利益共同体。目前我国正在鼓励并扶持农民建立合作组织或果农协会，农业部有关部门正在筹建全国苹果协会，形成以合作组织或协会为纽带，以企业加中介组织加基地（农户）的组织化形式进行果树产业化开发，以进一步加快果树生产产业化和组织化形成过程。