保健食品包装按内外层次分内包装和外包装，按包装刚性分软包装和硬包装。保健食品软包装即是指内装物充填或取出后形状可发生变化的、主要为容纳保健食品和阻止其与外界接触以保护品质及方便使用的包装形式。
泡罩包装泡罩包装又称水泡眼包装。它是将塑料薄片加热软化、成型（水泡眼）之后置入保健食品，再用药用铝箔进行热封，从而形成泡罩包装。该包装的方便形式给食用者提供了一次剂量包装，并且稳定可靠、安全方便。据美国研究预计，在近一段时期内，泡罩包装的增幅将是最大的。
袋包装袋包装是日益增多的保健食品软包装形式，可在一台机器上完成专用薄膜制袋、充填、封口和切断等工艺。袋包装可用于片剂、颗粒剂、粉剂、散剂及丸剂等保健食品的包装。
条形包装条形包装是利用两层条形包装膜（SP）把保健食品夹在中间，两层SP膜内侧热合密封，并在保健食品之间压上齿痕，单位保健食品之间隔开一定距离而形成的一种单位包装形式（单片或成排小包装）。
条形包装适合于各种形状和尺寸保健品的大批量自动包装，尤其对一些较大剂型、吸湿性强、对紫外光敏感、要求耐热耐寒、并且要求有效期长的保健品更为合适。
双铝包装双铝包装与条形包装相似，是采用两层涂覆铝箔将药品夹在中间，然后热合密封、冲裁成一定板块的包装形式。由于涂覆铝箔具有优良的气密性、防湿性和遮光性，所以双铝包装对要求密封或遮光的片剂、胶囊、丸剂、颗粒及粉剂等保健食品具有很大的优越性。软质瓶包装软质瓶主要应用于口服液、糖浆等液体制剂等剂型。
保健食品软包装之所以迅猛发展，是因为这种包装形式具有十分明显的优势。
选材丰富保健食品软包装材料多种多样，其结构有：纸／塑料、塑料／镀铝塑料、纸／铝箔／塑料和塑料／铝箔／塑料等多种形式，它们的阻隔性能依次递增。生产中可按保健食品对包装材料的阻隔性能要求以及包装形式，并综合考虑其他因素如透明性、美观性、便利性及经济性等选择适宜的保健食品软包装材料；
工艺先进保健食品软包装加工过程的加料、制膜、印刷及包装等可以一次完成。这样既缩短了生产周期，又减少了环境及人为因素对保健食品可能造成的污染和对其生产过程的影响，保证了安全性和包装质量，符合GMP要求；易实现自动化，生产效率高。如今保健食品软包装过程可以在一台机器上操作，控制手段也越来越先进。
保健食品包装过程自动化大大提高了生产效率：耗能少、运输量小及成本低。实现保健食品软包装，可以省去容器的清洗、干燥及灭菌等工序，克服了高耗能、易破损及运输量大等缺点。作为软包装的主要材料，塑料及纸塑等复合材料显示出了玻璃、金属无法比拟的“三低”优势：原材料价格低、运输费用低、生产成本低；储存期长，密封性好。由于软包装材料所具备的性能，使得保健食品在包装后的密封性和保质性好，储存期长，保存期可达3—5年；方便储运、销售和使用。保健食品软包装形式可谓多种多样，材料也不尽相同，但无论是在储运过程中，还是在销售和使用中，它们都具有良好的理化性质，体现出了方便、安全等优点。
就保健食品软包装发展前景而言，其趋势表现为以几个方面：
“绿色”包装
保健食品的“绿色”包装是指对生态环境和人体健康无害、包装材料能够循环和再生使用的包装。如今“绿色”包装的开发已成为一种发展趋势。大力开发和普及可回收再造、可降解回归自然及焚烧不污染大气的新型环保包装材料的开发步伐将加快。
少计量包装
少计量包装要求保健食品内包装具有准确计量的作用，包括使用具有计量功能的包装材料和一次性用量包装，后一种是常见的少计量包装。
在美国已于1990年全部普及了一次用量包装。随着复合材料的开发和灭菌包装技术的发展，我国已能有效地保证液剂和固体剂一次用量包装的准确性，但仍将继续发展少计量包装这种方便而准确的软包装形式。
环境调节包装
所谓“环境调节包装”是使包装内的气体状态发生变化，较长时间地保证被包装产品的质量，如封入干燥剂（吸氧剂）的包装、空气置换（充氮气等）包装。这种包装形式将继续开发和普及；高阻隔包装。高阻隔包装就是利用阻隔性优良的材料阻止气体、水汽、气味及光线等进入包装内，以保证保健食品的有效性。高阻隔包装的应用在欧洲和日本已非常普遍，而我国自20世纪80年代引入PVDC等高阻隔包装，但发展缓慢。
“无菌”包装
“无菌”包装就是在“无菌”环境中，采用瞬间超高温灭菌技术，对包装保健食品进行杀菌包装的一种方法，多用复合材料通过不同形式的挤压，复合成型进行包装。它具有能更好地保持功能性、延长保质期、节约能源、降低包装成本及易实现环保等优点。
抗菌包装
尽管保健食品生产的洁净环境是按照GMP要求设计的，但任何一个剂型生产和包装过程都不可能绝对无菌。为延长保健食品保质期、保证保健食品安全性，应按GMP要求采用抗菌高分子包装材料进行保健食品包装，以抑制细菌污染；纳米包装。纳米包装改变了人们的传统技术，能最有效地利用原子、分子赋予材料的高新特性开发新型包装。纳米纸、聚合物基纳米复合材料（PN－MC）、纳米粘合剂及纳米抗菌包装的发展将为保健食品软包装开辟新的领域。
随着我国GMP的深入实践和人们对健康的关注，保健食品包装将向着更安全、更全面和无污染方向发展。各种新型保健食品软包装将以其优良的综合性能和合理的价格快速发展，在提高保健食品包装工业的整体水平方面将发挥更大的作用，并在保健食品包装中成为主要包装形式。