行政许可法中42条(也就是你问题中的一),规定的是可以做出决定的行政机关审查期限
行政许可法中43条(也就是你问题中的三),是多层级行为,这个期限一般比普通许可期限要长,下级初审是单独规定的(各地方法规可以做变通规定,各地标准一般是不同的)
上级机关审查期限是要按照许可法42条的规定(也就是20日+10日)
下级机关在规定期限内没有审查完毕,属于失职行为。